菌肥有改良土壤的作用，是是從自然界中采集到的固氮活性菌種，經(jīng)過(guò)加工精制而成的無(wú)公害新型復(fù)合生物肥，菌肥的施用需要注意溫度等多方面因素。
對(duì)含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因?yàn)榱蚍蕷⑺郎锞。?duì)于翻漿的水田，一般不宜撒施，用噴霧的方法效果更明顯。
施用菌肥的溫度是25-37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對(duì)高溫、低溫、干旱條件下的農(nóng)作物田塊不宜施用。另外，有的還要掌握濕度，例如，固氮菌適宜的土壤相對(duì)含水量是60%～ 70%。
不應(yīng)將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，因?yàn)檫@些藥、肥很容易殺鮮紅生物菌。應(yīng)先施菌肥、隔48小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌 劑的種子混合施用。還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混用。
對(duì)于多年來(lái)施用化肥的田塊，施用生物菌肥時(shí)不能大量減施化肥和有機(jī)肥，因農(nóng)作物對(duì)化肥產(chǎn)生了依賴性，用生物菌肥取代化肥不能一下子適應(yīng)。因此，其取代量應(yīng)做到、第二、第三年分別取 代30%、40%、60%，磷、鉀肥只能補(bǔ)足，不能減少。
生物菌肥不是肥，菌肥施用在作物的營(yíng)養(yǎng)臨界期和營(yíng)養(yǎng)大量吸收期前7-10天施用，效果。